Při konstituování Československé lékařské společnosti J.E. Purkyně (ČLS JEP) v roce 1951 se ČsES stala sekcí této společnosti a je jí dosud.
K významným endokrinologickým akcím konaným v 50. a 60. letech patří: 1958, Brno – celostátní endokrinologický sjezd „O hypofýze”, 1962, Ostrava – celostátní konference „O nadledvinách”, 1965 – sympozium „O endemické strumě a průvodních chorobách”.
V roce 1969 na základě zákona o federálním uspořádání ČSSR vznikají samostatné společnosti, zůstávají součástí Čs. lékařské společnosti JEP, tedy Česká endokrinologická společnost (ČES) a Slovenská endokrinologická společnost (SES).
V čele České endokrinologické společnosti stanul předseda prof. J. Charvát s vědeckým sekretářem prof. V. Schreiberem. Ustanovující schůze Slovenské endokrinologické společnosti se konala 27.3.1969 v Bratislavě a byl zvolen výbor v čele s předsedou doc. J. Podobou a vědeckým sekretářem MUDr. B. Lichardusem.
ČsES pořádala od r. 1969 řadu významných celostátních odborných akcí, z nichž jsou nejvýznamnější od roku 1978 každoročně konané Endokrinologické dny. I po rozdělení Československa 1.1.1993 jsou pořádány dále Českou endokrinologickou společností a Slovenskou endokrinologickou společností střídavě v Čechách a na Slovensku.
K dalším významným endokrinologickým akcím patří Postgraduální endokrinologické kurzy, které byly nejprve pořádány každý druhý rok Endokrinologickým ústavem ve spolupráci s ČES nejprve v Třešti, v r. 2000 v Praze a od roku 2002 jsou organizovány ČES v Hradci Králové.
Česká endokrinologická společnost je členem European Society of Endocrinology (ESE). V roce 2004 se v Praze konal 3rd EFES Regional Czech-Hungarian-Polish-Romanian-Slovak Regional Postgraduate Course in Endocrinology a v roce 2010 12th European Congress of Endocrinology.