V souvislosti s přítomností nádoru v oblasti hypofýzy nebo hypothalamu a s jeho léčbou (operace, ozáření) může vzniknout nedostatek některého nebo všech hormonů hypofýzy. Chybějící hormony hypofýzy nebo hormony žláz, které jsou hypofýzou řízeny, je nutné nahradit.
Nedostatek hormonu, který řídí funkci kůry nadledvin (adrenokortikotropní hormon, ACTH), způsobí, že pacient má nedostatek životně důležitého hormonu kortisolu. V běžném životě lze kortisol nahradit přípravkem s bsahem hydrokortisonu ve formě tablet (1 tableta obsahuje 10 mg) a v případě některých závažných stavů (zvracení, průjmy, operace atd.) je nutné podat hydrokortison v podobě nitrožilních nebo nitrosvalových injekcí a ve vyšších dávkách. Při úplném nedostatku kortisolu obvykle při běžném režimu pacientům stačí dávka do 20 mg v tabletách denně. Tato celková denní dávka se obvykle rozdělí do tří dávek: nejvyšší se podává ráno, menší v poledne a nejnižší večer (například hydrokortison v 10mg tabletách 1 – 1/2 – 1/4 tbl.). Pacienti, kteří mají částečně zachovanou vlastní tvorbu kortisolu, užívají obvykle dávky nižší. U každého pacienta nastavuje lékař dávkování individuálně. K základní dávce si pacient při zvýšené zátěži přidává například půl tablety buď jednorázově, nebo opakovaně, trvá-li zátěž déle (např. delší sport, tanec). Tímto způsobem napodobujeme vyplavení kortisolu, které nastává ve stavu stresu při neporušeném vlastním řízení vyplavování kortisolu. Potřebné doplňující dávky hydrokortisonu při zátěžových stavech je potřeba u každého pacienta nastavit individuálně. Vyšší dávky se podávají také za tresových situací, jako jsou horečnaté stavy, operace a podobně. Podrobně je to popsáno v přiložené kartě pro pacienty léčené kortikoidní substitucí.
Dále může chybět hormon, který řídí funkci štítné žlázy (thyreotropní hormon, TSH), čímž významně klesne produkce hormonů štítné žlázy. Ty jsou pak nahrazeny podáváním syntetického hormonu štítné žlázy levothyroxinu. Tablety se užívají ráno nalačno. Lékař určí správnou dávku podle krevních testů.
Při poruše sekrece hormonů, které řídí funkci pohlavních žláz, se podávají mužům přípravky s obsahem mužského hormonu testosteronu a ženám ve fertilním věku (před „přechodem”) hormony estrogeny a gestageny.
Při prokázaném těžkém deficitu růstového hormonu může být tento hormon nahrazen podáváním podkožních injekcí ve večerních hodinách.
Pacienti s poruchou sekrece hormonu vazopresinu, tvořeného v zadním laloku hypofýzy, mají nemoc zvanou diabetes insipidus (žíznivka) a užívají přípravek
s obsahem syntetického hormonu desmopresinu. V současné době je v České republice k dispozici desmopresin jen v podobě tablet, které se nechávají rozpustit a vstřebat pod jazykem.